ImageCelková výstavba nemocnice byla rozložena do 3 etap, největší objem prací se soustředil do první z nich, probíhající v letech 1936 (slavnostní výkop byl na staveništi proveden dne 2. března) - září 1938. V této době byly vybudovány: hlavní nemocniční budova s křídly chirurgického a interního oddělení, hospodářská budova, kotelna a obytné domy jižní a severní určené pro vojenské gážisty. Celkové náklady na výstavbu v I. etapě byly vyčísleny částkou 33 240 000 Kč, přímé stavební práce obnášely 11 200 000 Kč.

II. etapa měla bezprostředně následovat a počítala s vybudováním pavilonu pro psychiatrii a nervové oddělení (včetně trestaneckého oddělení), objektu prosektury a ubikací pro rotu pomocného zdravotnictva.

III. etapa měla řešit výstavbu infekčního pavilonu, objektu pro oddělení oční, ORL, kožní a venerické a pavilonu plicních onemocnění. Na dokončení všech těchto etap bylo vázáno uvolnění objektů v nemocnici na Karlově náměstí i objektu Clam-Gallasova paláce na Hradčanech.

Po úplném dokončení měla Masarykova nemocnice disponovat 1 235 lůžky normálního stavu, ze kterých bylo 370 určeno pro rotu pomocného zdravotnictva. V mimořádné situaci mohl být celkový počet lůžek zvyšován na 1766 (zvýšený stav) nebo až na 2090 (nouzový stav).

Vlastní činnost zahájila Masarykova vojenská nemocnice 1. srpna roku 1938, kdy byla přestěhována většina oddělení ze staré budovy na Karlově náměstí a z odloučeného oddělení pro nemoci vnitřní z kasáren na Pohořelci. První pacienti nastoupili 1. září 1938.

Prolog byl však velmi krátký, do nové etapy vývoje se nerozvinul. Po tragickém přerušení vývoje čs. státnosti na jaře roku 1939 se nemocnice zmocnila okupační německá armáda a využila ji jako svou záložní nemocnici - Reserve Lazaret I, Prag. Kapacita byla rozšířena postavením 9 dřevěných baráků na 2000 lůžek. Specializovala se na urologická onemocnění a rekonstrukční obličejovou chirurgii.

II. světovou válkou byl vývoj čs. vojenské zdravotnické služby na domácí půdě přerušen. Po rozpuštění československé armády hledalo nemálo lékařů své místo v zahraničním i domácím odboji (zejména působení v organizaci Obrana národa, řada vojenských lékařů padla za oběť genocidě). Více než 1 100 lékařů a nejrůznějších zdravotnických pracovníků působilo v odboji, z toho téměř 800 v odboji zahraničním.