ImageLéta II. světové války zasáhla do sboru vojenských lékařů z povolání výrazně. Vedle přímých ztrát v zahraničním a domácím odboji se negativně projevovala odmlka v činnosti českých vysokých škol a skutečnost, že po rozpuštění československé armády v roce 1939 si vojenští lékaři našli nová působiště, která již často nehodlali opustit a do armády se vrátit. V roce 1945 byly předepsané počty vojenské zdravotnické služby naplněny na 40 procent. Ani další roky nepřinesly zásadní obrat, i když byly obnoveny předválečné formy získávání vojenských lékařů. Zájem o aktivování klesal, k čemuž přispěly i zvýšené antimilitaristické nálady, které se po válečných konfliktech zpravidla dostavují (aktivovala jen část důstojníků zdravotnictva z československých zahraničních jednotek). Nedostatek vojenských lékařů z povolání dosáhl kritické meze v letech 1949 až 1950. V urychleně budované a početně velké armádě chybělo 50 procent lékařů praktiků a 39 procent specialistů. Zdravotnická služba u 76 procent vojenských útvarů byla zajišťována pouze lékaři vojenské prezenční služby.

Problém zásadně neřešila ani opatření (násilná) přijatá komunistickým režimem po únoru 1948. Šlo o zákon číslo 85/1948 Sb., na jehož základě nebylo dovoleno propouštět aktivní důstojníky zdravotnické služby do zálohy na vlastní žádost. Zákon byl přísně účelový, nevztahoval se na politická kritéria. Ze zdravotnické služby byla urychleně propouštěna kategorie lékařů, kteří zejména byli spjati s odbojem na Západě a nesouhlasili s tehdejším politickým vývojem. Dalším podtónem těchto paradoxních represí (proklamovaný nedostatek lékařů - propouštění zkušených) byly i rasové důvody. Dopadly často krutě i na "východní" vojáky. Nejtragičtější v této souvislosti byl osud deseti vojenských lékařů odsouzených v letech 1948 - 1952 Státním soudem při použití zákona 231/1948 Sb., kdy nechyběly ani rozsudky doživotního vězení.

Po roce 1945 byly obnoveny všechny hlavní funkce čs. zdravotnické služby a v podstatě vrácena podoba z 1. ČSR. Ke svému původnímu poslání se navrátila i Sborová nemocnice 1. Dělo se tak postupně s ohledem na situaci, která se v ní na konci války vytvořila. Dne 8. 5. 1945 byla nemocnice nejprve obsazena pražskými povstaleckými silami, vzápětí ji převzal od německého osazenstva její poslední předválečný velitel plk. MUDr. Heřman Vaniš s několika štábními důstojníky. Od nich převzala budovy nemocnice Rudá armáda. Její zdravotnická služba zde působila až do 10. srpna 1945, poté byla nemocnice uvolněna. Mezitím se Sborová nemocnice 1 provizorně etablovala v bývalé posádkové nemocnici na Hradčanech a v objektech Uršulinských kasáren, což bylo mimo jiné spojeno s velkým pracovním nasazením při čištění, desinfekci atd. těchto objektů po německé armádě.

Střešovická nemocnice začala naplno fungovat na podzim roku 1945, když i nadále některá oddělení (oční a kožní) zůstala na Hradčanech. Panoval zde čilý ruch. Vrátila se část předválečného lékařského osazenstva - dr. Tomšík, Šedivý, Bláha, Vích, Černý, Pokorný. Přibyli další, mladší, zejména ti, kteří plnili reverzální závazky vůči armádě (např. dr. Lichtenberg). Vojenskou nemocnicí 1 TGM, jak se nyní nazývala, prošla také řada lékařů ze zahraničních čs. jednotek s válečnou praxí..

Nemocnice tak plnila, vedle hlavního úkolu léčebné činnosti ve složitých podmínkách "dozvuků" války vlastně i úlohu školícího centra. Barákové zástavby nemocnice bylo využito pro zřízení obnovené Školy důstojníků zdravotnictva a lékárnictva v záloze, v nemocnici našla nové sídlo rovněž znovuobnovená Vojenská škola lékařská. V následujícím roce přibyla ještě i dvouletá ošetřovatelská škola pro zdravotnice, které přišly s jednotkami 1. čs. armádního sboru.