Zdravotnickou péči poskytuje v Ústřední vojenské nemocnici – Vojenské fakultní nemocnici Praha 9 klinik přes dvě desítky oddělení a čtyři specializovaná centra se statusem uděleným Ministerstvem zdravotnictví ČR. 
Neodkladnou léčebně-diagnostickou péči pacientům v bezprostředním ohrožení života nebo pacientům, u kterých prodlení v léčebně-diagnostickém algoritmu může vést k ohrožení základních životních funkcí, poskytuje EMERGENCY ÚVN.

Kliniky 1. LF UK
Interní klinika 1. LF UK a ÚVN
Neurochirurgická a neuroonkologická klinika 1. LF UK a ÚVN
Klinika anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny 1. LF UK a ÚVN
Oční klinika 1. LF UK a ÚVN
Onkologická klinika 1. LF UK Praha, VFN a ÚVN
Klinika ortopedie 1. LF UK a ÚVN
Klinika infekčních nemocí 1. LF UK a ÚVN

Kliniky 2. LF UK
Chirurgická klinika 2. LF UK a ÚVN

Kliniky 3. LF UK
Klinika otorhinolaryngologie a maxilofaciální chirurgie 3. LF UK a ÚVN
Gynekologická klinika 3. LF UK a ÚVN


Specializovaná centra ÚVN se statusem uděleným MZ ČR
Traumacentrum
Komplexní cerebrovaskulární centrum
Kardiovaskulární centrum
Centrum pro screeningovou kolonoskopii