Chirurgické oddělení bylo součástí Masarykovy vojenské nemocnice již od zahájení její činnosti v srpnu roku 1938. Během 2. světové války a v prvních poválečných letech docházelo k častým personálním změnám ve vedení oddělení. V roce 1947 stanul v čele chirurgie dr. Vích, v roce 1956 poté došlo k rozdělení na dvě samostatná pracoviště: neurochirurgické pod vedením profesora Kunce a oddělení hrudní a břišní chirurgie, které vedl profesor Bedřich Placák.

Primáři:

plk. prof. MUDr. Bedřich Placák, DrSc. - 1956 - 1970
plk. doc. MUDr. Milan Pražák, CSc. - 1970 - 1978
plk. MUDr. Jiří Burda - 1978 - 1988
plk. MUDr. Jaromír Válka - 1988 - 1993
prof. MUDr. Miloš Hájek, DrSc. - 1993 - 1996
plk. MUDr. Ladislav Lednický - 1996 - 2003
plk. prof. MUDr. Miroslav Ryska, CSc. - 2004

Všichni primáři chirurgického oddělení byli ve své době vůdčími osobnostmi. Za největší osobnost lze považovat profesora Placáka, který rozvinul kardiochirurgii v ÚVN a první provedl v roce 1957 operaci chlopenní vady v ÚVN a v roce 1960 jako první v Praze provedl operaci na otevřeném srdci v mimotělním oběhu. Oddělení se vždy zaměřovalo na chirurgii v širokém rozsahu. Rozvíjela se chirurgie hrudníku, gastroenterochirurgie i chirurgie štítné žlázy. V tomto trendu se pokračovalo i pod vedením dalších primářů. Jako první z chirurgických oborů mělo chirurgické oddělení svůj pooperační pokoj s monitorováním základních funkcí operovaných pacientů. Rovněž jako jedno z prvních chirurgických oddělení provádělo od roku 1976 samostatně urgentní endoskopii horní části gastrointestinálního traktu při krvácení. V 90. letech dochází k výraznému rozšíření výkonů na mléčné žláze a za primariátu Dr. Lednického se oddělení stěhovalo do nově vybudovaného chirurgického pavilonu, kde sídlí dosud. Dne 1.9. 2005 byla v souladu s rozhodnutím akademického senátu 2. LF UK v Praze, se souhlasem rektora Univerzity Karlovy a ministra obrany, ustanovena na bázi chirurgického oddělení ÚVN, Chirurgická klinika 2. LF UK a ÚVN Praha.