Následně jsou radiačním onkologem zakresleny orgánové struktury a tumorové ložisko do všech CT řezů (s využitím skenů z magnetické rezonance). Definice zdravých orgánových struktur v okolí ložiska je nezbytná, protože kvalitní ozařovací plán bere v potaz dávkové limity na tyto struktury s cílem minimalizovat pro ně nežádoucí účinky ozáření a zároveň se snaží doručit předepsanou dávku záření do tumoru a strukturu tumoru tak rozbít.

Při zakreslení tumorového ložiska hraje roli přesnost, s jakou je možné nádor opakovaně ozářit. Proto se kolem fyzicky viditelné nádorové masy tvoří navíc bezpečnostní lemy, které zohledňují přirozenou anatomickou migraci tumoru, jeho prorůstání do okolní tkáně a reprodukovatelnost nastavení pacienta na ozařovně. Díky technologickým možnostem systému CyberKnife^® uvedených v úvodu jsou bezpečnostní lemy zmenšeny až na 1 mm, takže dochází k ozáření jen nezbytně nutného objemu tumorové masy.