Koncem roku 1954 byla zřízena Ústřední patologicko-anatomická a soudně-lékařská laboratoř ÚVN s úkolem zajišťovat pitvy a expertizní činnost v trestních věcech ve spádovém území ÚVN. Soudní lékařství zpočátku provádělo spíše organizační činnost s cílem vybudovat soudně-lékařskou službu v armádě, pitvy byly prováděny na jiných pracovištích. Laboratoř byla nouzově umístěna v přízemních prostorách bývalého pavilónu UNKOV. Během dvou let byla dobudována budova VÚHEM. Poté byla rozdělena laboratoř na dvě oddělení, oddělení patologické anatomie a Vojenský ústav soudního lékařství, které byly dislokovány do části přízemí objektu. Ve stejném období byla budována i soudně-lékařská laboratoř Ústavu leteckého zdravotnictví (ÚLZ), která začala vyšetřovat letecké nehody. Soudně-lékařskou službu v armádě se nepodařilo vybudovat v původním zámyslu v dalších vojenských nemocnicích, zůstaly jen oba výše uvedené subjekty v areálu ÚVN, které po celou dobu dobře spolupracovaly.

Přednostové ústavu:
plk. MUDr. Zdeněk Šňupárek (1954 - 1973)
plk. MUDr. Michal Dogoši, CSc. (1974 - 2002)
plk. MUDr. Miloš Sokol, Ph.D. (2003 - dosud)

Zakládající přednosta plk. MUDr. Šňupárek byl významnou osobností nejen vojenského lékařství, ale i jedním ze zakládajících členů Soudnělékařské společnosti a dlouholetým členem jejího výboru. Byl výborným organizátorem, který navrhl strukturu vojenské soudně-lékařské služby v mírových i válečných podmínkách, podílel se rovněž na výuce vojenských lékařů ve VLA JEP Hradec Králové. Ve své odborné a publikační činnosti se zabýval zejména problematikou střelných poranění. Během jeho působení vznikla ve VÚSL v roce 1963 laboratoř forenzní sérologie. Jako u prvního pražského soudně-lékařského pracoviště bylo zde zavedeno u vyšetření alkoholu z krve také vyšetření metodou plynové chromatografie. Od roku 1958 se stala posudková činnost občansko právních věcí významnou součástí pracovní náplně, což přetrvává do současnosti. Druhým a také dlouholetým náčelníkem - přednostou byl plk. MUDr. Dogoši, CSc. Nastoupil jako mladý náčelník po neočekávaném úmrtí dr. Šňupárka. V roce 1974 byla zřízena histologická laboratoř, rozšířena toxikologická laboratoř, významné postavení měla rovněž sérologická laboratoř. Právě v této problematice obhájil dr. Dogoši i svojí disertační práci. V sedmdesátých létech se spolu s plk. MUDr. Vorlem, CSc. podílel na vyšetřování několika hromadných leteckých katastrof. V odborné činnosti se věnoval dr. Dogoši kromě sérohematologie také poranění střelnými zbraněmi a výbušninami. MUDr. Dogoši, CSc., jako hlavní odborník Armády v oboru soudní lékařství zpracoval novou koncepci organizace a činnosti soudně-lékařské služby v poli. Významná byla i jeho spolupráce s Kriminalistickým ústavem Praha, což dokládá řada řešených případů, zejména v problematice střelných poranění a poranění výbušninami, a také například vznik třech instruktážních filmů. Dr. Dogoši je dlouholetým externím členem katedry kriminalistiky a učitelem na Policejní akademii, napsal řadu odborných článků a publikací, je spoluautorem několika učebnic. Příslušníci VÚSL ÚVN spolupracovali velmi těsně s kolegy z ÚLZ, především s MUDr. Vorlem, CSc. sen. a MUDr. Fialkou, CSc. V současné době vede ústav bývalý pracovník ÚLZ pplk. MUDr. Miloš Sokol, Ph.D. VÚSL ve spolupráci s ÚLZ se nadále podílí na vyšetřování leteckých nehod v armádě i v civilním sektoru. Významně se rozvíjí forenzní a klinická toxikologie, po stránce odborné i materiální, bylo vybudováno centrální forenzní pracoviště AČR pro návykové látky.