Kromě plánovacího CT je u pacientů s nádory v oblasti hlavy a krku provedeno navíc plánovací vyšetření magnetickou rezonancí. Výstupem MR zobrazení je anatomie pacienta s jemnějším kontrastem měkkých tkání pro lepší rozlišení různých anatomických struktur mozku a krku. MR v kombinaci s CT vyváří komplexní soubor vstupních informací pro plánování radioterapie.