Ve vedení se vystřídali:

1935 - 1939 plk. MUDr. Jan Záleský
1945 - 1958 plk. MUDr. Jan Horák
1958 - 1978 plk. prof. MUDr. Ervín Černý, DrSc.
1978 - 1995 plk. doc. MUDr. Mojmír Zelený, CSc.
1995 - 1999 plk. MUDr. Zdeněk Voldřich, DrSc.
1999 - 1999 pplk. MUDr. Michal Mikolaj
(dočasně pověřen od 16. 1. 1999 - 10. 11. 1999)
1999 – 2013 plk. MUDr. Michal Navara, Ph.D.
2013 – dosud prof. MUDr. Jaromír Astl CSc.

Ve chvílích slavnostního otevření Masarykovy vojenské nemocnice bylo otorinolaryngologické oddělení pod vedením plk. MUDr. Jana Záleského umístněno ve Sborové nemocnici na Hradčanech.

ORL oddělení  se však mohlo stát faktickou součástí ÚVN až od roku 1945. Plk. MUDr. J. Horák zajistil pro oddělení na svou dobu moderní a provozu plně vyhovující prostory. Pracoviště v roce 1954 mělo dokonce 110 lůžek (z toho 20 foniatrických) a patřilo k největším ve střední Evropě.

Plk. prof. MUDr. Ervín Černý, DrSc. vtiskl oddělení pevnou koncepci a činorodost. Nesmírně se zasloužil o jeho vědecko - odbornou propagaci a uznání v celostátním i mezinárodním měřítku. Na oddělení působili a v civilním zdravotnictví jej později prezentovali další významní pracovníci - plk. MUDr. J. Kiml, DrSc. (foniatr, dlouholetý předseda vědecké rady náčelníka ÚVN, dlouholetý vedoucí redaktor časopisu Československá otorhinolaryngologie), pplk. prof. MUDr. Jaroslav Fajstavr, DrSc. (emeritní přednosta ORL kliniky 2. LF UK Praha a FN Motol), plk. doc. MUDr. Miroslav Holub, CSc. (primář v Ostravě - Vítkovicích), pplk. MUDr. Lubomír Turek (primář v Kolíně). Pod vedením profesora Černého zavedlo jako jedno z prvních v našem státě nové operační metody při léčbě středoušní nedoslýchavosti a zhoubných nádorů hrtanu. Prioritní postavení dosahovalo v otoneurologii, při léčbě náhle vzniklých nitroušních nedoslýchavostí hyperbaroxií a při chirirurgickém řešení obrny, lícního nervu.

V této tradici vedl oddělení i plk. doc. MUDr. Mojmír Zelený, CSc., který pokračuje v rozvoji kofochirurgie a onkochirurgie.  Začátkem 90. let je na oddělení postupně zaváděna chirurgie štítné žlázy a příštitných tělísek s vizualizací vratného nervu a endoskopická endonasální chirurgie.

Plk. MUDr. Michal Navara přináší rozvoj především třmínkové chirurgie a zavádí moderní metody sialoendoskopie a sialolitotripse. Obnovuje tradice špičkové kofochirurgie a v roce 2004 je pracoviště přemístěno do moderních prostor nového pavilonu.

V červnu 2013 se vedení Kliniky otorinolaryngologie 3. LF UK a ÚVN v Praze, Fakultní vojenské nemocnice ujímá na základě konkurzu prof. MUDr. Jaromír Astl, CSc. S nástupem prof. Astla je spojen rozvoj miniinvazivní chirurgie štítné žlázy a příštítných tělísek, odběr sonograficky navigované biopsie tenkou jehlou, a tak od roku 2013 zahrnuje klinika celou škálu endokrinochirurgických výkonů včetně metody MIVAT a endoskopických metod, které se rozvíjejí současně s minimálně invazivními výkony slinných žláz, nejnovějšími technikami navigace v oblasti chirurgie VDN a  rinobaze, ale také se rozvíjí za současného přednosty spolupráce v oblasti maxilofaciální chirurgie, onkochirurgie a traumatologie. 

Pedagogické zapojení do pregraduální výuky studentů medicíny se datují od poloviny 70. let, kdy byla na pracovišti zahájena výuka posluchačů pediatrické fakulty UK.  Plk. MUDr. Zdeněk Voldřich, DrSc. zahajuje činnost JIPu v říjnu 1995, což znamená zařazení pracoviště zpět ke špičkovým pracovištím oboru. Ve školním roce 1988/ 89 byla obnovena výuka mediků 2. LF UK v Praze - Motole (přednášky, praktika) a v roce 1997 byla podstatně rozšířena. 

Pracoviště úzce spolupracuje v rámci ÚVN se styčnými chirurgickými obory. S neurochirugickou klinikou při léčení fronto- a laterobazálních poranění, nádorů, zánětlivých rhino- a otogenních nitrolebních komplikací. S oční klinikou na poli orbitologie a chirurgie slzných cest. S oddělením ortopedie, traumatologie a rekonstrukční chirurgie u rekonstrukčních výkonů v krajinách hlavy a krku, u nádorových onemocnění a v traumatologii. V současnosti se rozvíjí nejen spolupráce kliniky v rámci ÚVN, ale také s Endokrinologickým ústavem v Praze, s pracovišti 1. LF a Akademií věd ČR.  

V rámci plnění vojenské povinnosti se zúčastnil náš lékař plk. MUDr. Kovář  vojenské mise v Afgánistánu v roce 2002 a plk. MUDr. Navara mise v Iráku v roce 2003.

Dne 13. 12. 2005 byl vydán souhlas se zřízením ORL kliniky 3. LF UK a ÚVN Praha. Zde probíhá výuka mediků 3. LF UK v oboru otorinolaryngologie a chirurgická propedeutika a nadále pokračuje výuka studentů 2. LF UK v oboru otorinolaryngologie. S příchodem prof. MUDr. Jaromíra Astla, CSc. zahajuje pracoviště výuku včetně konání zkoušek v oboru. ORL klinika má akreditaci MZ ČR pro obor otorinolaryngologie a tak je součástí postgraduálního vzdělávání pro mnoho začínajícíh kolegů, kteří se připravují k atestaci v oboru.  

Klinika je spojena také s aktivitami odborné společnosti Otorinolaryngologie a chirurgie hlavy a krku a stává se sídlem redakce odborného časopisu Otorinolaryngologie a foniatrie, jehož vedoucím redaktorem je od roku 2009 prof. Astl.  Tento časopis je excerptován v mnoha databázích a také v RIV. Tak navazuje Klinika v ÚVN na mnohaletou tradici, kterou představoval MUDr. Josef Kiml, který byl šéfredaktorem časopisu od roku 1952 do roku 1992, ale také na plk. MUDr. Zdeňka Voldřicha, který byl šéfredaktorem v letech 2006 - 2009.    

Úsek čelistní a obličejové chirurgie navazuje na historii oddělení čelistní a obličejové chirurgie, kterou v ÚVN roku 1956 založil a posléze vedl prof. MUDr. Josef Kufner, DrSc. Oddělení se zaměřovalo na obličejovou traumatologii a chir. léčbu čelistních anomalií. Pod vedením prof. MUDr. Tibora Németha, DrSc, se v osmdesátých letech díky doc. MUDr. Jiřímu Kozákovi, CSc rozvíjela především oblast rekonstrukčních operací v oblasti hlavy a krku a chirurgie base lební. V polovině devadesátých let za vedení MUDr. Pavla Vosky se rozšířila o plastickou chirurgii. Z reorganizačních důvodů bylo oddělení zrušeno a čelistní a obličejová část přešla pod ORL kliniku, kde  má  operační a lůžkové zázemí.