Ambulantní část
Klinika infekčních nemocí disponuje prostory pro akutní i chronickou ambulanci. K dispozici jsou dvě samostatné čekárny, tři vyšetřovny a jedna izolační místnost.
Velký podíl ambulantních pacientů představují pacienti s lymeskou borreliózou a podezřením na ni, pacienti s herpetickými infekcemi, chronickými hepatitidami a hepatopatiemi, pacienti s komplikacemi a následky prodělaných infekčních nemocí.

Lůžková část

Kapacita současného lůžkového oddělení je 18 lůžek. Je plánované otevření, druhé stanice s 18 lůžky.
Pacienty kliniky jsou nemocní s horečnatými onemocněními, infekcemi dýchacích cest a plic, močových cest a ledvin, infekcemi nervového systému, mezi nimi i osoby přijaté k plánovanému vyšetření mozkomíšního moku získaného lumbální punkcí k potvrzení nebo vyloučení infekční příčiny obtíží, pacienti s průjmovým onemocněním, s virovou hepatitidou, infekcemi kůže, podkoží, měkkých tkání, kostí, rovněž pacienti s komplikacemi klasických vysoce sdělných infekčních onemocnění, jako jsou plané neštovice, spalničky nebo příušnice, a také navrátilci z exotických oblastí, např. s tyfem, malárií a dalšími tropickými horečnatými onemocněními. Pokud si to epidemiologická situace vyžádá, může klinika zabezpečit umístění nemocných i s dalšími nakažlivými nemocemi.

Centrum očkování a cestovní medicíny
V rámci ambulance poskytuje klinika služby pro klienty před cestou a po návratu z oblastí se zvýšeným rizikem nákaz a pro pacienty s různými importovanými infekcemi včetně parazitóz. Očkují se zde osoby, u nichž jsou důležitá očkování spojena s rizikem nepříznivého vlivu na zdravotní stav.