Pojmem funkční neurochirurgie rozumíme operace s výhradním cílem modifikovat funkce nervové soustavy. Jde převážně o výkony symptomatické, odstraňující část příznaků, ale většinou ne samu příčinu choroby.

Náleží sem výkony pro dyskinézy, léčba neuralgie trigeminu, chirurgická léčba bolesti jiného původu (například při malignitách) i chirurgická léčba epilepsie.

Operační technika ve funkční neurochirurgii je tedy rozmanitá: stereotaxe, mikrochirurgické výkony i další specifické postupy.

Typickým funkčním výkonem z oblasti dyskinéz je ovlivnění tremoru u Parkinsonovy nemoci. Stereotaktickou operací na hlubokých mozkových strukturách se docílí navození nové rovnováhy v nestabilním regulačním systému motoriky. Nedestruktivní metodou ovlivnění dyskinéz je chronická stimulace hlubokých mozkových struktur implantabilními stimulátor.

Neuralgie trigeminu je charakterizována spontánními záchvaty bolestí. Vzniká na podkladě poruchy systému signalizace bolesti. Při selhání konzervativní léčby carbamazepinem je nutná chirurgická léčba: punkční výkony zvané retrogaserská termoléze, glycerolová radikulolýza a trigeminová balónková komprese. U některých nemocných se provádí mikrovaskulární dekomprese. Nejnověji se neuralgie léčí gama nožem.

Faciální hemispasmus je podobně jako neuralgie způsoben vaskulární kompresí centrálního segmentu n. facialis, léčí se mikrovaskulární dekompresí.

Chirurgická léčba bolesti je dnes vedena snahou o minimálně invazivní postup - v prvé řadě epidurální aplikace morfinu. U denervačních bolestí např. po avulzi brachiálního plexu nabo u neuropatické postherpetické neuralgie se osvědčuje DREZ-tomie. Méně se již provádějí klasické protibolestivé výkony na míše: spinothalamická chordotomie a mediolongitudinální myelotomie. Z výkonů na nejvyšších etážích struktur ovlivňujících bolest se užívá cingulotomie.

Chirurgická léčba epilepsie se opírá o skutečnost, že zdrojem epileptické aktivity je epileptogenní fokus - populace zčásti poškozených neuronů, které se stávají zdrojem synchronizovaných výbojů. K lokalizaci fokusu se provádí elektrokortikografie a z hlubokých struktur stereoencefalografie. Po přesném zmapování záchvatového ohniska se provádí jeho chirurgické odstranění. U temporální epilepsie se provádí resekce postiženého spánkového laloku. Pokud to není u ohnisek ve funkčně významné oblasti možné, přerušují se dráhy šíření epileptického výboje (např. calosotomie). Vzácně se u těžkých forem epilepsie s infantilní hemiplegií indikuje i hemisérektomie.