Věda a výzkum jsou zcela integrální součástí práce kliniky. Základním mottem je přesvědčení, že neurochirurgie je natolik exkluzivní obor, že jej nelze provozovat jako pouhou zdravotnickou disciplínu. Neurochirurgické pracoviště bez vědy a výzkumu nemá svým způsobem oprávnění k existenci. Studovaná problematika v zásadě kopíruje hlavní odborné okruhy problematiky. Systematický výzkum je podporován grantovými projekty, vedle toho má klinika menší projekty, které se obejdou bez institucionální podpory.

V oblasti cévní neurochirurgie se již mnoho let věnujeme problematice stenózy vnitřní krkavice a korelace různých diagnostických metod s anatomickým nálezem. V posledních letech jsme zaměřili svoji pozornost také na srovnání chirurgické a endovaskulární léčby tohoto onemocnění. V oblasti ischemického onemocnění mozku studujeme význam cerebrovaskulární rezervní kapacity, indikace extra-intrakraniálních anastomóz a elektrofyziologické koreláty onemocnění. Velkou pozornost jsme vždy věnovali elektrofyziologické peroperační monitoraci všech nemocných operovaných pro ischémii mozku. Srovnání chirurgické a endovaskulární léčby jsme také opakovaně zpracovali u nemocných s aneuryzmaty. U těchto nemocných se však nejvíce věnujeme neuropsychologickým následkům subarachnoidálního krvácení různých typů léčby. Opakovaně zpracováváme naše skupiny nemocných s arteriovenózními malformacemi a kavernomy.

V neuroonkologii se dnes nejvíce věnujeme genetice mozkových nádorů, pro rozvoj oboru ji považujeme za zásadní. Z chirurgického pohledu nás dnes nejvíce zajímá korelace a potence peroperační magnetické rezonance a fluorescenčních technik. Studujeme přínos zobrazovacích technik, funkční magnetické rezonance a před, per a pooperačních traktografií. Adenomy hypofýzy jsou předmětem studia zejména ve vztahu k peroperační magnetické rezonanci a potenci endoskopické endonazální techniky. Možnosti této techniky studujeme i u ostatních středočárových onemocnění lební báze. U meningeomů nás zajímá charakter růstu a interface mozek-nádor. Menší projekty jsou zaměřeny na intradurální páteřní nádory, specificky na nitromíšní nádory a jejich peroperační monitoraci jak pomocí elektrofyziologie tak pomocí magnetické rezonance.

Tradičně studovanou problematikou je hydrocefalus, zejména normotenzní. Pomocí sofistikovaných testů se snažíme zpřesnit indikace zkratových operací a III.ventrikulostomie. Ve spolupráci s dětským neurochirurgickým ordinariátem chirurgické kliniky v Krči věnujeme svoji pozornost vrozeným vadám a dětské epileptochirurgii.

V oblasti funkční neurochirurgie máme společné projekty s Pražskou epileptochirurgickou skupinou, pozornost je věnována zejména patologickým nálezům epileptogenních ložisek a peroperační kortikografii.  V problematice bolesti studujeme zejména patofyziologii neurovaskulárního konfliktu, jeho korelace elektrofyziologické a radiologické. Modulační techniky studujeme v rámci univerzitního výzkumného programu.

Spinální problematika je ponejvíce zaměřena na vlastní chirurgii. Význam různých stabilizačních technik, miniinvazivních přístupů a složitějších postupů je opakovaně předmětem zpracování. Pozornost věnujeme degenerativnímu onemocnění krční páteře, kraniocervikálnímu přechodu a předním přístupům k hrudní a bederní páteři. Specificky sledovanou skupinou jsou nemocní s revmatoidní artritidou.